Guna meningkatkan peran Pelabuhan Labuan Bajo dalam meningkatkan perekonomian, Kementerian Perhubungan melalui Direktorat Jenderal Perhubungan Laut melaksanakan penandatanganan perjanjian Kerja Sama Pemanfaatan (KSP) Barang Milik Negara (BMN) dalam rangka penyediaan infrastruktur pada KSOP Kelas III Labuan Bajo dan PT Pelabuhan Indonesia (Persero).